Nồng độ đỉnh của pantoprazole trong huyết tương đạt được khoảng 2-2,5 giờ sau khi uống. Khoảng 98% pantoprazole gắn kết với protein huyết tương. Thuốc được chuyển hóa rộng rãi ở gan, chủ yếu qua cytochrom P450 isoenzym CYP2C19, thành esmethylpantoprazole; một lượng nhỏ cũng được chuyển hóa bởi CYP3A4, CYP2D6 và CYP2C9. Các chất chuyển hóa được đào thải chủ yếu (khoảng 80%) qua nước tiểu, phần còn lại được thải trừ qua mật. Thời gian bán thải sau cùng khoảng 1 giờ, kéo dài hơn ở bệnh nhân suy gan, khoảng 3-6 giờ ở bệnh nhân xơ gan.